Ya en 1791 aparece con el nombre de San Juan de Juticalpa y según la tradición sus primeros habitantes procedieron de San Jorge de Olancho, pueblo que fuera fundado en 1540 por Don Pedro de Alvarado, en el lugar llamado Boquerón, pero que fue destruido por la erupción del Volcán Boquerón. A causa del evento, sus habitantes huyeron en dos direcciones, unos se fueron al norte y fundaron a Olanchito y otros más al centro donde hoy es Juticalpa.
En 1820 se le dio la categoría de pueblo y el 16 de Julio de 1835 se le concedió el título de ciudad siendo Jefe de Estado Don Joaquín Rivera.